Roku 2001 byla striktně zavedena třístupňová struktura vysokoškolského vzdělávání:
- bakalářský studijní program (ISCED 5A),
- magisterský studijní program (ISCED 5A),
- doktorský studijní program (ISCED 6).
V případech, kdy to vyžaduje charakter studijního programu, nemusí magisterský studijní program navazovat na bakalářský, pak se jedná o nestrukturované studium. Vzhledem k tomu, že vysokoškolské a vyšší odborné vzdělávání upravují odlišné zákony a vyhlášky, je v této kapitole o obou typech vzdělávání pojednáno samostatně.
6.5. Typy institucí
Vzhledem k odlišnému charakteru institucí jsou vyšší odborné školy a školy vysoké uvedeny v samostatných kapitolách 6.5.1. a 6.5.2.
6.5.1. Vyšší odborné školy
Soustava oborů vzdělávání na vyšších odborných školách je upravena nařízením vlády (viz 6.10.1.).
Z hlediska zřizovatele mohou být školy veřejné (původně zřizované státem, po reformě veřejné správy od r. 2001 kraji), státní, soukromé nebo církevní, které musí mít ke svému působení státní souhlas. Vyšší odborné školy vznikaly většinou při středních odborných školách a většinou s nimi tvoří jeden právní subjekt. Samostatně působí jen asi čtvrtina z celkového počtu vyšších odborných škol.
6.5.2. Vysoké školy
Vysoké školy mohou být z hlediska zřizovatele:
- veřejné, zřizované zákonem,
- soukromé, a
- státní (pouze vysoké školy vojenské a policejní) zřizované zákonem a řízené příslušnými ministerstvy.
Podle typu poskytovaných studijních programů rozlišujeme
- vysoké školy neuniverzitní (6.5.2.1.),
- vysoké školy univerzitní (6.5.2.2.).
Typ vysoké školy je uveden v jejím statutu v souladu se stanoviskem Akreditační komise.
Univerzitní veřejná vysoká škola se může členit na fakulty, vysokoškolské ústavy, na jiná pracoviště pro vzdělávací a vědeckou, výzkumnou, vývojovou, uměleckou nebo další tvůrčí činnost nebo pro poskytování informačních služeb, a její součástí mohou být i účelová zařízení pro kulturní a sportovní činnost, pro ubytování a stravování zejména členů akademické obce nebo k zajišťování provozu školy. (Blíže viz 2.6.4.2.)
6.5.2.1. Vysoké školy neuniverzitní
Neuniverzitní vysoká škola uskutečňuje převážně bakalářské studijní programy a v souvislosti s tím výzkumnou, vývojovou, uměleckou nebo další tvůrčí činnost. Může uskutečňovat programy magisterské, nemůže uskutečňovat doktorské studijní programy. Nečlení se na fakulty. Podmínky pro přijetí, studijní obory, cíle a obsah vzdělávání, jeho metody, hodnocení a certifikace jsou upraveny shodně jako pro vysoké školy univerzitní.
K vysokým školám neuniverzitním náleží dvě veřejné vysoké školy. V roce 2004 vznikla transformací z vyšší odborné školy první veřejná neuniverzitní vysoká škola – Vysoká škola polytechnická v Jihlavě, od roku 2006 pak působí druhá škola tohoto typu – Vysoká škola technická a ekonomická v Českých Budějovicích. Soukromé vysoké školy vznikly všechny jako neuniverzitní. Od roku 2007 se univerzitou staly 2 soukromé vysoké školy: Vysoká škola Jana Ámose Komenského a Vysoká škola veřejné správy a mezinárodních vztahů v Praze, o. p. s., která je přejmenována na Metropolitní univerzita Praha o.p.s.
6.5.2.2. Vysoké školy univerzitní
Vysoká škola univerzitní může uskutečňovat všechny typy studijních programů a v souvislosti s tím vědeckou, výzkumnou, vývojovou, uměleckou nebo další tvůrčí činnost. Všechny veřejné vysoké školy (s výjimkou dvou, které jsou uvedeny v 6.5.2.1.) jsou univerzitního typu. Pouze několik z nich uskutečňuje studijní programy z jedné oblasti (školy umělecké, zemědělské a některé technické), většina má fakulty z různých vědních oblastí.
Státní vojenské vysoké školy a policejní akademie se obsahově i organizačně transformovaly v souvislosti s přijetím České republiky do NATO v roce 1999 a s nadnárodními závazky vůči Interpolu. Od 1. září 2004 byly tři vojenské školy sloučeny v jednu instituci – Univerzitu obrany, její zřízení upravuje zákon. Vysokými školami univerzitního typu jsou i dvě soukromé instituce (viz 6.5.2.1.).