Bezprostředně po změně politické situace v roce 1989 došlo ke zrušení krajských národních výborů, avšak kraje jako územní jednotky zůstaly nadále zachovány. Kraje z období před rokem 1990 také zůstaly (a dosud zůstávají) územní jednotkou působnosti řady orgánů a institucí (soudy, policie, aj.). Beze změny byly převzaty i okresy, pouze okresní národní výbory byly transformovány na okresní úřady.
V průběhu celých 90. let 20. století nastala na okresní úrovni jediná významnější změna, a sice obnovení okresu Jeseník v roce 1996. Jinak docházelo pouze k přesunům několika málo obcí mezi sousedními okresy.
Nových 14 krajů zahájilo činnost 1. 1. 2001. Byly poskládány ze stávajících okresů (platných od roku 1960, resp. 1996). To způsobilo značnou velikostní nevyrovnanost, mnohem větší, než jakou vykazovaly kraje existující v letech 1949-60 (jichž byl stejný počet a měly úplně stejná sídla; jediným rozdílem bylo, že Praha neměla postavení kraje).
Ustavení vyšších územně správních celků (krajů) bylo tzv. I. etapou reformy veřejné správy. V roce 2002 vyvrcholily přípravy tzv. II. etapy, jejíž podstatou je zrušení okresních úřadů a jejich nahrazení novými správními obvody obcí s rozšířenou působností (někdy nazývané jako malé okresy; těch je celkem 206, vč. Prahy), to vše s účinností od 1. 1. 2003. Po ukončení činnosti okresních úřadů byla významná část jejich kompetencí přenesena právě na tyto obce s rozšířenou působností.
Je ovšem třeba zdůraznit, že současně nebyly zrušeny dosavadní okresy jako územní jednotky. Ty jsou nadále spolu s obcemi základem územního členění státu.
Je zřejmé, že okresy lze tedy i nadále používat k identifikaci příslušnosti jednotlivých sídelních lokalit. Současně územím okresů má svoji územní působnost vymezena řada specializovaných orgánů státní správy (např. katastrální úřady, úřady práce, okresní správa sociálního zabezpečení aj.).