Hlavním garantem projektu je Evropská komise, resp. Generální ředitelství pro zaměstnanost, sociální věci a rovné příležitosti. Na aktivitách projektu se budou podílet tyto organizační jednotky:
Sekretariát – řídí každodenní fungování projektu, podílí se na doplňování a aktualizaci databáze. Dokumentuje návrhy změn, které potom vstoupí do schvalovacího procesu.
Rada pro údržbu (Maintenance Committee) – spolupracuje se sekretariátem a poskytuje mu rady a informace, např. o nových dovednostech/nových zaměstnáních.
Výbor pro odstraňování položek (Board for deletion) – na základě doporučení vydaných Radou pro údržbu rozhoduje o vyškrtnutí položek z databáze. Dále podle potřeby schvaluje opravy a dodatky, má dohlížecí a poradenskou funkci. Výbor zahrnuje zástupce všech důležitých zainteresovaných stran, bude udávat ESCO politický směr.
Referenční skupiny – podílí se na údržbě a poskytují rady ve speciálních záležitostech. Zvažuje se varianta referenčních skupin pro jednotlivá odvětví.