Každá úplná i dílčí kvalifikace v NSK má určitou kvalifikační úroveň popsanou pracovními kompetencemi (způsobilostmi). Kvalifikační úrovně tvoří univerzální stupnici umožňující zařazení všech úplných i dílčích kvalifikací a jsou společné pro Národní soustavu kvalifikací a pro Národní soustavu povolání. Návrh kvalifikačních úrovní vyjadřuje i jejich vztahy s úrovněmi EQF.
Nově se vymezuje úroveň EQF 5, které dosud ve vzdělávací soustavě ČR neodpovídal žádný stupeň vzdělání, a to tak, že se navrhuje, aby k této úrovni byly přiřazeny vzdělávací programy krátkého cyklu terciárního vzdělávání, které by vznikly transformací dosavadních vzdělávacích programů vyšších odborných škol, jež podle stávajícího legislativního stavu jsou předkládaným materiálem přiřazeny k úrovni 6.
Vzdělávací programy krátkého cyklu terciárního vzdělávání (v rozsahu do 120 kreditů ECTS) by po transformaci vzdělávacích programů vyšších odborných škol poskytovaly vzdělávání vedoucí k dosažení kompetencí předpokládajících zvládnutí metod a technik odpovídajících užšímu okruhu specializovaných povolání na úrovni umožňující samostatný výkon odborných činností v těchto povoláních včetně samostatné výdělečné činnosti a řídících činností ve vztahu k týmu zaměstnanců s dosaženou úrovní kvalifikace 1 až 4; současně by tyto kvalifikace poskytovaly základ pro prostupnost s bakalářskými studijními programy (úroveň 6), kde se kvalifikace rozšiřuje na rozsáhlejší zvládnutí teorií a metod konkrétního oboru.
Akademický standard pro vzdělávací (studijní) programy vedoucí ke kvalifikacím 5 a vyšším bude vytvořen Národním kvalifikačním rámcem pro terciární vzdělávání, který je připravován MŠMT v rámci projektu Q-RAM.
Koncepce předkládaného materiálu předpokládá, že do úrovně 5 by mohly být zařazovány také dílčí kvalifikace systému dalšího vzdělávání, které by neodpovídaly přímo kvalifikaci počátečního vzdělávání, což by umožňovalo i prostupnost obou typů kvalifikací právě v rámci úrovně 5 a možného transformovaného profesního vyššího vzdělávání.
Dílčí kvalifikace (a vzdělávací programy k nim připravující) jsou v úrovni 5 EQF uvedeny z důvodu otevření možné diskuse pro propojení systému NSK a zákona č. 179/2006 Sb. s úrovní 5. Dílčí kvalifikace jsou však tvořeny na všech úrovních, kde je zákon č. 179/2006 Sb. tvořit umožňuje, k dnešnímu datu do úrovně EQF 4.
Charakteristiky jednotlivých úrovní a jejich vztah k Evropskému rámci kvalifikací, které byly projednány Poradou vedení MŠMT dne 5.1. 2010.